Andere typen voedselvergiftiging worden veroorzaakt door natuurlijke toxines die in het eten zijn gekomen vanuit schimmels, algen of planten.
Veel schimmels produceren toxines (mycotoxines) die in het product doordringen en dus aanwezig kunnen zijn, zonder dat de schimmel zichtbaar is. Een voorbeeld zijn aflatoxines in pinda's. Algen kunnen bij warm weer onstuimig gaan groeien (algenbloei) en sommige soorten maken dan toxines. Deze kunnen door schelpdieren (in Nederland meestal mosselen) worden opgenomen