Bontekoe werd 2 juni 1587 in Hoorn gedoopt. Hij was geboren in het huis aan de Veermanskade 15 met de gevelsteen De Bontekoe. Vermoedelijk was hij het oudste kind van IJsbrant Willemsz Bontekoe en Geertje Jacobs, en het gezin bestond waarschijnlijk uit tien of meer kinderen.
Hij volgde op twintigjarige leeftijd zijn vader op als schipper van het schip De Bontekoe. Hij voer toen vooral in Europese wateren. In 1608 vervoerde hij zout tussen La Rochelle en Danzig, in 1611 goederen naar Archangelsk. Zijn schepen werden in de loop der tijd steeds groter; in 1607 was zijn schip nog 90 last groot, in 1617 130 last. Wel noemde hij zijn schip telkens De Bontekoe. Op een reis naar Sevilla werd het schip op 17 september 1617 door Algerijnse kapers geroofd. Bontekoe werd op 13 oktober door bemiddeling van de Hollandse renegaat Soliman Rais vrijgekocht.
In 1618 trad Bontekoe in dienst bij de VOC. Hij reisde op 28 december naar Oost-Indië met het schip de Nieuw Hoorn. Vanaf hier begint het Journaal van Bontekoe, het dagboek dat hij schreef over de reis. Op de reis naar Indië vloog het schip in brand en ontplofte. Toch bereikte Bontekoe Indië. In Indië werd hij door Jan Pieterszoon Coen naar de Zuid-Chinese Zee gestuurd om onder andere de handelsbetrekkingen met China aan te halen, maar de reis had meer weg van een rooftocht dan van een handelsmissie. Op 25 november 1625 keerde Bontekoe op het schip Hollandia terug in Nederland.
Geboortehuis Bontekoe in Hoorn
Gevelsteen De Bontekoe
Waarschijnlijk heeft hij zelf na 1625 niet meer gevaren, maar hield hij zich onder andere met de handel in hout bezig. Op 1 maart 1626 trouwde Bontekoe met Eeltje Bruijns. Bontekoe had waarschijnlijk met zijn handel en zijn reis voor de VOC aanzienlijk verdiend. Hij was bijvoorbeeld met 200 gulden de belangrijkste donateur voor de verbouwing van de kerk voor de remonstrantse gemeente in Hoorn, en later leende hij nog eens 700 gulden aan de kerkgemeente. Zijn huwelijk bleef kinderloos. Zijn vrouw stierf in 1646, Bontekoe in 1657.
Het was geen slavenhandelaar