Intussen hernieuwden Pompejus, Crassus en Caesar hun verbond (56 v.C.). Pompejus bespeurde echter dat zijn invloed leed onder de toenemende populariteit en reële politieke macht van Caesar. Om dit tegen te gaan wenste hij een soortgelijk commando als Caesar in Gallia had. Hiermee kwamen de drie bondgenoten tot een verdeling van de provincies: Caesar behield Gallia, Pompejus kreeg Spanje toegewezen en Crassus Syrië. In 53 v.C. sneuvelde Crassus in zijn strijd tegen de Parthen. De politieke balans leek hierdoor in het nadeel van Pompejus door te slaan. Deze en de Senaat vonden elkaar in hun gemeenschappelijke strijd tegen Caesar, die niet alleen te veel macht kreeg, maar bovendien niet geheel binnen de perken van de wet handelde. De strijd werd acuut, toen Pompejus consul sine collega (een verzachte vorm van dictatuur) werd en Caesars mandaat in Gallia afliep. Caesar kreeg op 7 jan. 49 v.C. de opdracht zijn commando neer te leggen. Pompejus werd tegelijkertijd bevolen de wapens op te nemen ter verdediging van de Republiek. Caesar trok de Rubicon over, de grens tussen zijn mandaatgebied en Italië, en gaf daarmee openlijk te kennen op een staatsgreep uit te zijn (alea iacta est). Pompejus en de zijnen hadden geen tijd een behoorlijk leger op de been te brengen en konden nog slechts naar het Oosten uitwijken. De burgeroorlog was een feit. Om de macht van Pompejus te breken, trok Caesar allereerst naar Spanje, dat hij gedeeltelijk onderwierp. Vervolgens zette hij de achtervolging van Pompejus in. In een eerste treffen werd hij door het goed georganiseerde leger van Pompejus verslagen. Bij Pharsalus in Thessalië lokte Caesar de beslissing uit: Pompejus werd verslagen en in Egypte vermoord. Bij zijn bezetting van Alexandrië raakte Caesar verwikkeld in de troonstrijd tussen Ptolemaeus XII en diens zuster Cleopatra. Hij versloeg Ptolemaeus en plaatste Cleopatra op de troon. Uit zijn intieme relatie met de Egyptische prinses werd nog in 47 hun zoon Caesarion geboren.
